Cистемой взимается комиссия в размере 0.8% от суммы платежа, но не менее 0.01WMR. При этом максимальный размер комиссии не превышает 1500 WMR.

(Цитата с официального сайта webmoney.) А вот за “покладание” денег на счет взимается такая комиссия, какую захочет банк, магазин, владелец терминала оплаты. Мой опыт показывает что размер комиссии может колебаться от 0% до 20%. Зависит от суммы платежа и психического состояния владельца пункта оплаты. В среднем за перевод 500 рублей на счет вы заплатите 20 рублей.
P.S. Комиссия налагаемая банком/магазином/терминалом суммируется с комиссией взимаемой системой webmoney.
P.P.S. Для яндекс денег и прочих платежных систем работают примерно те же правила, правда с изменениями. Например про комиссию системы яндекс деньги можно прочитать здесь.

P.P.P.S. Уважаемый Sonik! Если хотите могу накропать статью в подобном духе допустим про яндекс деньги или обзор со сравнением разных систем.